В WATCH_DOGS вы играете за Эйдена Пирса — профессионального хакера, которому подвластен весь город благодаря новой электронной системе ctOS, управляющей почти каждым аспектом жизни мегаполиса. Используя телефон Эйдена, вы можете взломать любое устройство в городе и делать всё, что пожелаете. Например, проникнуть в чей-то телефон и обчистить банковский счёт или получить доступ к камерам наблюдения, чтобы следить за происходящим вокруг. Но после одного неудачного ограбления Пирсу приходится прятать свою семью. Однако по пути в безопасное место его машину расстреливает наёмник по имени Морис Вега, и племянница Эйдена погибает. Допрос Мориса не даёт ни единой зацепки о том, кто его нанял. Вернувшись в город, Пирс оказывается втянут в войну между хакерами, в которой участвуют его бывший партнёр Дэмиен Бренкс, хакерский синдикат DedSec и другие персонажи игры. Шантажируя Эйдена, они вынуждают его помогать хакерам, чтобы спасти свою семью.