В 2015 году Шон и Ребекка проникают в один из офисов «Абстерго Индастриз», расположенный в Лондоне, и устанавливают там прослушку. Там они обнаруживают, что корпорация изучает жизнь британских ассасинов Джейкоба и Иви Фрай, надеясь отыскать спрятанный в Лондоне фрагмент Эдема. В центре сюжетной линии прошлого — близнецы-ассасины Джейкоб и Иви Фрай. Они отправляются в Лондон, чтобы навести там свои порядки и заодно найти фрагмент Эдема. Однако самым захватывающим нововведением в механике «Синдиката» стал гарпун. Он активно применяется во время скрытного прохождения: гарпун позволяет мгновенно сменить позицию и сэкономить время. Ещё один важный аспект игры — банда. Вы можете тратить деньги и ресурсы не только на себя, но и на своих союзников. Вкладываясь в развитие «Грачей», вы помогаете им саботировать действия «Вешалок». За рамками сюжета начинается классический для Assassin’s Creed геймплей: башни, освобождение территорий и множество побочных заданий.